将GWAS数据格式化成gsMap分析输入数据
gsMap_format_sumstats.Rd该函数用于将 GWAS 汇总统计数据格式化。
Usage
gsMap_format_sumstats(
test_help = FALSE,
GWAS_file = "XXX.gz",
snp_col = "SNP",
effect_allele_col = "effect_allele",
other_allele_col = "other_allele",
beta_col = "beta",
se_col = "se",
pval_col = "pval",
eaf_col = "eaf",
samplesize_col = "N",
Minimum_MAF = 0.01,
opt_arguments = NULL,
format_output = "gsMap",
save_name = "results",
save_path = "./gsMap"
)Arguments
- test_help
逻辑值，是否仅测试帮助信息，默认为 FALSE。
- GWAS_file
字符串，GWAS 汇总统计数据文件的路径。
- snp_col
字符串，SNP 标识符列的名称。
- effect_allele_col
字符串，效应等位基因列的名称。
- other_allele_col
字符串，非效应等位基因列的名称。
- beta_col
字符串，效应值（beta）列的名称。
- se_col
字符串，标准误（SE）列的名称。
- pval_col
字符串，P 值列的名称。
- eaf_col
字符串，效应等位基因频率（EAF）列的名称。
- samplesize_col
字符串，样本量列的名称。
- Minimum_MAF
数值，最小次要等位基因频率（MAF），默认为 0.01。
- opt_arguments
其他附加参数，默认为 NULL。
- format_output
字符串，输出格式，
"gsMap"或"COJO"，默认为"gsMap"。- save_name
字符串，输出文件名。
- save_path
字符串，存储结果文件的目录。