使用gsMap进行遗传信息的细胞空间映射分析
gsMap_quick_mode.Rd该函数用于执行基于遗传信息的细胞空间映射方法（gsMap），该方法整合了空间转录组数据与全基因组关联研究（GWAS）的汇总统计数据， 以空间分辨的方式将细胞与人类复杂性状（包括疾病）进行关联映射。注意：分析12万个单细胞需要约80G运行内存。 详细参见：https://yanglab.westlake.edu.cn/gps_data/website_docs/html/index.html。
Usage
gsMap_quick_mode(
test_help = FALSE,
sumstats_file = "gsMap_example_data/GWAS/IQ_NG_2018.sumstats.gz",
trait_name = "IQ",
sumstats_config_file = NULL,
gsMap_resource_dir = "gsMap_resource",
homolog_file = "gsMap_resource/homologs/mouse_human_homologs.txt",
hdf5_path = "gsMap_example_data/ST/E16.5_E1S1.MOSTA.h5ad",
sample_name = "E16.5_E1S1.MOSTA",
annotation = "annotation",
data_layer = "count",
max_processes = 10,
opt_arguments = NULL,
save_path = "./res"
)Arguments
- test_help
逻辑值，是否仅测试帮助信息，默认为 FALSE。
- sumstats_file
字符串，GWAS 汇总统计数据文件的路径。由
'gsMap_format_sumstats()'函数转换获得。- trait_name
字符串，性状名称（例如
"IQ"）。- sumstats_config_file
默认为 NULL表示单个性状分析。如果需要同时分析多个性状，请提供配置文件
'gwas_config.yaml'文件路径。- gsMap_resource_dir
字符串，指向 gsMap 资源目录的路径，下载地址：https://yanglab.westlake.edu.cn/data/gsMap/gsMap_resource.tar.gz。
- homolog_file
字符串，指向用于跨物种基因名转换的同源基因文件。若空间转录组学（ST）数据为human，填NULL。
- hdf5_path
字符串，输入 HDF5 文件的路径，该文件包含空间转录组学（ST）数据。示例下载地址：https://yanglab.westlake.edu.cn/data/gsMap/gsMap_example_data.tar.gz。
- sample_name
字符串，空间转录组学数据的样本名称（例如“E16.5_E1S1.MOSTA”）。
- annotation
字符串，指定输入 HDF5 文件中 adata.obs 内的注释列名称。
- data_layer
字符串，指定基因表达矩阵的层（例如“count”）。
- max_processes
并行运算的最大进程数。
- save_path
字符串，指定结果文件的存储目录，默认为“./res”。
- arguments
其他附加参数，默认为 NULL。