本地数据提取结局数据并基于1000G代理SNP

本地数据提取结局数据并基于1000G代理SNP

Usage

modified_proxy_1000G(
  snps,
  GWASfile = " ",
  proxies = T,
  rsq = 0.8,
  kb = 5000,
  nsnp = 5000,
  maf_threshold = 0.3,
  bfile_1000G = "./1.data/1000G/EUR"
)

Arguments

snps

暴露数据的SNP。

GWASfile

TwosampleMR格式的完整结局数据路径。

proxies

是否寻找代理的SNP。

rsq

代理SNP连锁不平衡r2过滤阈值，默认0.8。

kb

连锁不平衡窗口大小，默认5000。

nsnp

SNP的数量，默认5000。

maf_threshold

次要等位基因频率MAF过滤阈值，默认0.3。

bfile_1000G

千人基因组参考面板数据文件的前缀路径（如：./1.data/1000G/EUR）。

Value

data