chrpos转rsid

此函数基于 SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37 与 SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38 数据库进行坐标到 SNP（rsid）的转换。请确保在运行前已安装相应的数据库包。

Usage

tran_SNP_from_chrpos(
  GWASfile = " ",
  chr_col = "chromosome",
  pos_col = "base_pair_location",
  build = 37,
  save_path = "./",
  save_name = " "
)

Arguments

GWASfile

字符串，GWAS 数据文件路径，文件中需要包含染色体序号和坐标信息。

chr_col

字符串，数据中包含染色体序号（chr）的列名。

pos_col

字符串，数据中包含基因组坐标（位置）的列名。

build

数字，人类参考基因组的版本，支持 37 或 38，默认为 37。

save_path

字符串，指定输出文件保存的目录，默认为当前工作路径下 ./。

save_name

字符串，保存文件的名称。

Value

data.frame 返回包含转换后的 SNP（rsid）信息的 data.frame。