使用python实现chrpos转rsid
tran_SNP_python.Rd请预先安装miniconda：https://repo.anaconda.com/miniconda/。
Usage
tran_SNP_python(
GWAS_file = "XXX.txt",
dbsnp_file = "./GCF_000001405.25.gz",
build = 37,
chr_col = "CHR",
pos_col = "BP",
effect_allele_col = "effect_allele",
other_allele_col = "other_allele",
keep_snp = FALSE,
exact_map = FALSE,
save_name = "GetSNP",
save_path = "./tran"
)Arguments
- GWAS_file
GWAS数据文件的路径。
- dbsnp_file
dbSNP数据库文件路径，GCF_000001405.25.gz（hg19），GCF_000001405.40.gz（hg38），下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/snp/latest_release/VCF/。
- build
GWAS数据的基因组版本，37或38。默认37，对应GCF_000001405.25.gz。
- chr_col
包含染色体信息的列名。
- pos_col
包含SNP位置（即基因组上的BP位点）的列名。
- effect_allele_col
包含效应等位基因的列名。
- other_allele_col
包含非效应等位基因的列名。
- keep_snp
默认为FALSE。若为TRUE，则将未匹配成功的rsid以'CHR:POS:REF:ALT'形式保留在SNP列。
- exact_map
是否使用精确映射，默认为FALSE，仅根据chr与pos进行匹配。若为TRUE，则同时根据effect_allele与other_allele精确匹配。
- save_name
保存输出文件的文件名。
- save_path
输出结果文件保存路径。