rsid转chrpos

此函数基于 SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37 与 SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38 数据库进行 SNP 的位置转换。请确保在运行前已安装相应的数据库包。

Usage

tran_chrpos_from_SNP(
  GWASfile = " ",
  snp_col = "rsids",
  chr_col = "chr.outcome",
  pos_col = "pos.outcome",
  build = 37,
  save_path = "./",
  save_name = " "
)

Arguments

GWASfile

字符串，GWAS 数据文件路径，需要包含 SNP 信息。

snp_col

字符串，输入数据中包含 SNP 的列名，默认为 "rsids"。

chr_col

字符串，输出数据中染色体（chr）列的列名，默认设置为 "chr.outcome"。

pos_col

字符串，输出数据中位置（pos）列的列名，默认设置为 "pos.outcome"。

build

数字，人类参考基因组的版本，支持 37 或 38，默认值为 38。

save_path

字符串，指定输出文件保存的目录，默认为当前工作路径下 ./。

save_name

字符串，保存文件的名称。

Value

data.frame 返回转换后的数据框，其中包含转换后的染色体位置等信息。