rsid转chrpos

此函数基于SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37与SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh38，请预先安装包至本地。

Usage

tran_chrpos_from_SNP(
  GWASfile = " ",
  snp_col = "rsids",
  chr_col = "chr.outcome",
  pos_col = "pos.outcome",
  build = 37,
  save_path = "./",
  save_name = " "
)

Arguments

GWASfile

需要转换的GWAS数据文件路径。

snp_col

输入数据中包含SNP的列名，默认为"rsids"。

chr_col

输出数据中chr列的列名，默认保存数据列名为"chr.outcome"。

pos_col

输出数据中pos列的列名，默认保存数据列名为"pos.outcome"。

build

人类参考基因组的版本，37或38，默认38。

save_path

指定输出文件将保存的目录，默认当前工作路径下。

save_name

分析结果保存文件名。

Value

data