提取原始本地xQTL数据的顺式区域数据

提顺式区域数据，并转换成列名为SNP、CHR、BP、effect_allele、other_allele、eaf、beta、se、pval格式数据

Usage

xQTL_cis_dat(
  GWASfile = " ",
  Ensemblid = " ",
  snp_col = "SNP",
  beta_col = "beta",
  se_col = "se",
  eaf_col = "eaf",
  effect_allele_col = "effect_allele",
  other_allele_col = "other_allele",
  pval_col = "pval",
  chr_col = "CHR",
  pos_col = "BP",
  samplesize,
  build = 38,
  cis_wind_kb = 1000,
  save_path = "./",
  save_name = " "
)

Arguments

GWASfile

pQTL、eQTL或mQTL等原始数据文件路径。

Ensemblid

xQTL数据基因的Ensemblid，可使用Gene_start_end_info()函数查询基因信息获取。

snp_col

必填，SNP列的名称。

beta_col

必填，Beta值列的名称。

se_col

必填，标准误列的名称。

eaf_col

必填，效应等位基因频率列的名称。

effect_allele_col

必填，效应等位基因列的名称。

other_allele_col

必填，次要等位基因列的名称。

pval_col

必填，P值列的名称。

chr_col

必填，染色体列的名称。

pos_col

必填，坐标列的名称。

samplesize

必填，数值，指定GWAS数据的总样本量。

build

37或38，人类参考基因组版本，默认38。

cis_wind_kb

指定顺式pQTL的上下游范围，默认1000kb，即1MB。

save_path

顺式xQTL数据的保存路径，默认为当前文件夹"./"。

save_name

保存的文件名，建议设置为基因名。