提取原始本地xQTL数据的顺式区域数据

提取顺式区域数据，并转换成列名为SNP、CHR、BP、effect_allele、other_allele、eaf、beta、se、pval格式的数据。

Usage

xQTL_cis_dat(
  GWASfile = " ",
  Ensemblid = " ",
  snp_col = "SNP",
  beta_col = "beta",
  se_col = "se",
  eaf_col = "eaf",
  effect_allele_col = "effect_allele",
  other_allele_col = "other_allele",
  pval_col = "pval",
  chr_col = "CHR",
  pos_col = "BP",
  samplesize = 3501,
  build = 38,
  cis_wind_kb = 1000,
  save_name = " ",
  save_path = "./"
)

Arguments

GWASfile

字符串，pQTL、eQTL或mQTL等原始数据文件路径。

Ensemblid

字符串，xQTL数据基因的Ensembl ID。可以使用Gene_start_end_info_modified()函数查询。

snp_col

字符串，SNP列的名称，必填。

beta_col

字符串，Beta值列的名称，必填。

se_col

字符串，标准误列的名称，必填。

eaf_col

字符串，效应等位基因频率列的名称，必填。

effect_allele_col

字符串，效应等位基因列的名称，必填。

other_allele_col

字符串，次要等位基因列的名称，必填。

pval_col

字符串，P值列的名称，必填。

chr_col

字符串，染色体列的名称，必填。

pos_col

字符串，坐标列的名称，必填。

samplesize

数值，指定GWAS数据的总样本量，必填。

build

数值，xQTL数据的人类参考基因组版本，默认为38，可选择37或38。

cis_wind_kb

数值，指定顺式pQTL的上下游范围，默认1000kb（即1MB）。

save_name

字符串，保存的文件名，建议设置为基因名。

save_path

字符串，顺式xQTL数据的保存路径，默认为当前文件夹"./"。