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绘制xQTL森林图(Forest Plot)

Usage

xQTL_forest(
  res,
  pvalsig = NULL,
  ci_col = "#000000",
  ci_fill = "#000000",
  ci_lwd = 1,
  xlim = c(0, 3.5),
  ticks_at = c(0, 0.5, 1, 2, 3, 3.5),
  arrange_OR = TRUE,
  arrange_expnm = FALSE,
  save_plot = FALSE,
  plot_pdf = "forest_plot",
  width = 8,
  height = 5,
  save_path = "./"
)

Arguments

res

mr或xQTL_mr分析结果。

pvalsig

用于筛选显著结果的参数,默认值为NULL,若为"pval"或"fdr"则按照对应的p值或FDR值<0.05筛选。

ci_col

置信区间线的颜色,默认为"#000000"(黑色)。

ci_fill

置信区间填充的颜色,默认为"#000000"(黑色)。

ci_lwd

置信区间线的粗细,默认为1。

xlim

x轴的范围,默认为c(0, 3.5)。

ticks_at

x轴上刻度标签的位置,默认为c(0, 0.5, 1, 2, 3, 3.5)。

arrange_OR

是否对森林图的OR值进行降序排序,默认为TRUE。

arrange_expnm

是否对森林图的基因名称安装首字母进行排序,默认为FALSE(若需执行,设置arrange_OR = FALSE,arrange_expnm =TRUE)。

save_plot

是否保存图形为文件,默认为FALSE。

plot_pdf

图形保存的文件名,默认为"forest_plot"。

width

图形保存时的宽度,默认为8。

height

图形保存时的高度,默认为5。

save_path

保存图形的文件夹路径,默认为当前工作目录下的"./"。

Value

无直接返回值,但会生成并(如果save_plot为TRUE)保存一个森林图