构建SMR分析所需的BESD二进制数据文件

构建用于SMR分析的BESD二进制数据文件。输入数据必须包含SNP、CHR、BP、effect_allele、other_allele、eaf、beta、se、pval等列名。 注意：非R包内置数据，需使用 xQTL_cis_dat() 函数转换获得。

Usage

SMR_format_BESD(
  GWASfile = " ",
  Ensemblid = " ",
  build = 38,
  pvalue = NULL,
  cis_wind_kb = 1000,
  save_path = "./",
  save_name = " "
)

Arguments

GWASfile

字符串，顺式xQTL数据文件路径。非R包内置数据，可通过 xQTL_cis_dat() 函数转换获得。

Ensemblid

字符串，xQTL数据中基因的Ensembl ID。

build

数字，参考基因组版本，支持37或38，默认为38。

pvalue

数字，显著性P值阈值，默认为NULL，建议设置为0.00157。

cis_wind_kb

数字，顺式pQTL上下游范围，单位为kb，默认为1000kb（即1MB）。

save_path

字符串，二进制数据文件保存路径，默认为当前文件夹 "./"。

save_name

字符串，分析结果文件名，建议使用基因名作为文件名。