注意：输入数据必须包含SNP、CHR、BP、effect_allele、other_allele、eaf、beta、se、pval列名
Usage
SMR_format_BESD(
GWASfile = " ",
Ensemblid = " ",
build = 38,
pvalue = NULL,
cis_wind_kb = 1000,
save_path = "./",
save_name = " "
)
Arguments
- GWASfile
顺式xQTL数据文件。非R包内置数据，可使用xQTL_cis_dat()函数转换获取。
- Ensemblid
xQTL数据基因的Ensemblid。
- build
37或38，人类参考基因组版本，默认38。
- pvalue
显著性P值的阈值过滤值，默认NULL，建议设置为0.00157。
- cis_wind_kb
指定顺式pQTL的上下游范围，默认1000kb，即1MB。
- save_path
xQTL数据的二进制文件保存路径，默认为当前文件夹"./"。
- save_name
分析结果文件名，建议设置为基因名。