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使用FOCUS软件进行多种组织精细定位分析

TWAS_FOCUS_Multi_test.Rd

该函数使用FOCUS软件进行多种组织精细定位（fine-mapping）分析。更多信息请访问官网：https://github.com/mancusolab/ma-focus。

Usage

TWAS_FOCUS_Multi_test(
  finemap_help = FALSE,
  Sumstatsfile = "./UC.sumstats.gz",
  ref_ld = "./1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.",
  weights_file = "./FOCUS_WEIGHTS",
  start_chr = 1,
  end_chr = 22,
  plot = TRUE,
  locations = "38:EUR",
  prior_prob = "gencode38",
  p_threshold = 5e-08,
  opt_arguments = NULL,
  pip_sig = 0.9,
  save_name = "UC",
  save_path = "./UC",
  cores = 2
)

Arguments

finemap_help

逻辑值，是否调阅FOCUS软件finemap的帮助文档，默认值为 FALSE。

Sumstatsfile

字符串，GWAS总结统计文件路径，格式为 .sumstats.gz，使用 TWAS_FOCUS_format_data() 函数转换获得。

ref_ld

字符串，PLINK格式的参考面板数据路径，填写至文件前缀，不包含序号。下载地址：https://console.cloud.google.com/storage/browser/broad-alkesgroup-public-requester-pays/LDSCORE。

weights_file

字符串，FOCUS分析所需权重数据 .db 文件的文件夹路径。

start_chr

整数，分析的起始染色体序号。

end_chr

整数，分析的终止染色体序号。

plot

逻辑值，是否绘制fine-mapping图，默认值为 TRUE。

locations

字符串，指定独立区域，例如 '37:EUR', '37:AFR' 等。可选值包括多个预设的地理或人群组合。

prior_prob

字符串或数值，因果关系基因的先验概率类型。可选值为 'gencode37'、'gencode38' 或固定数值（如 1e-3）。

p_threshold

数值，执行TWAS精细定位所需的最小GWAS p值显著性阈值，默认值为 5e-8。

opt_arguments

字符串，FOCUS软件finemap的其他命令行参数，默认值为 NULL。

pip_sig

数值，pip的显著性阈值，范围在0到1之间，默认值为 0.9。

save_name

字符串，结果保存文件的文件名称。

save_path

字符串，结果文件保存路径。

cores

整数，使用的并行运算线程数，默认值为 2。

Value

生成多个 CSV 结果文件，每行代表一个基因在特定表型下的 TWAS + 精细定位（fine-mapping）分析结果，包含以下字段：

  • block: 独立基因组区域，格式为 chrom:start-chrom:stop。

  • ens_gene_id: Ensembl 基因 ID。

  • ens_tx_id: Ensembl 转录本 ID。

  • mol_name: 基因、长链非编码 RNA（lncRNA）、假基因等分子特征的名称。

  • tissue: 原始基因表达数据测定的组织类型。

  • ref_name: QTL 参考面板的名称。

  • type: 分子特征类别（如基因、lncRNA、lincRNA、假基因）。

  • chrom: 染色体编号。

  • tx_start: 转录起始位点。

  • tx_stop: 转录终止位点。

  • block_genes: 该基因组区域中的基因数目，用于设定某个基因为因果基因的先验概率。

  • inference_pop1: 用于模型推断的统计方法（例如 LASSO, BSLMM）。

  • inter_z_pop1: 在回归去除平均表型效应时的 Z-score 截距（如果 intercept = False，则该值为 None）。

  • cv.R2_pop1: 交叉验证的预测 R²，衡量模型的预测能力。

  • cv.R2.pval_pop1: 交叉验证 R² 对应的 p 值。

  • twas_z_pop1: 该基因的边际 TWAS Z-score，表示其对表型的预测性。

  • pip_pop1: 该基因的边际后验包含概率（Posterior Inclusion Probability, PIP），衡量其作为因果基因的可能性。

  • in_cred_set_pop1: 是否包含在可信集合（credible set）中的标记变量（1 表示包含，0 表示不包含）。

  • ldregion_pop1: 参考基因组中 LD（连锁不平衡）区域的信息。