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使用FOCUS软件进行多种组织精细定位分析

TWAS_FOCUS_Multi_test.Rd

软件官网：https://github.com/mancusolab/ma-focus。

Usage

TWAS_FOCUS_Multi_test(
  finemap_help = FALSE,
  Sumstatsfile = "./UC.sumstats.gz",
  ref_ld = "./1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.",
  weights_file = "./FOCUS_WEIGHTS",
  start_chr = 1,
  end_chr = 22,
  plot = TRUE,
  locations = "38:EUR",
  prior_prob = "gencode38",
  p_threshold = 5e-08,
  opt_arguments = NULL,
  pip_sig = 0.9,
  save_name = "UC",
  save_path = "./UC",
  cores = 2
)

Arguments

finemap_help

是否调阅FOCUS软件finemap的帮助文档，默认FALSE。

Sumstatsfile

.sumstats.gz格式文件路径。使用TWAS_FOCUS_format_data()函数转换获得。

ref_ld

PLINK格式的参考面板数据的文件路径，只填写到不包含序号的文件前缀，下载地址：https://console.cloud.google.com/storage/browser/broad-alkesgroup-public-requester-pays/LDSCORE。

weights_file

FOCUS分析所需权重数据.db文件的文件夹路径。

start_chr

需要分析的染色体起始序号。

end_chr

需要分析的染色体终止序号。

plot

是否绘制fine-mapping图，默认TRUE。

locations

通过指定以下选项使用默认的独立区域'37:EUR', '37:AFR', '37:EAS','37:EUR-AFR', '37:EUR-EAS', '37:EAS-AFR', '37:EUR-EAS-AFR', '38:EUR', '38:AFR', '38:EAS','38:EUR-AFR', '38:EUR-EAS', '38:EAS-AFR', '38:EUR-EAS-AFR'。

prior_prob

具有因果关系基因的先验概率类型名称，'gencode37'或'gencode38'或使用一个固定的数值概率，例如直接指定1e-3。

p_threshold

执行TWAS精细定位所需的最小GWAS p值显著性阈值，默认5e-8。

opt_arguments

FOCUS软件finemap的其他命令行参数(设置finemap_help = TRUE查看)，默认NULL。

pip_sig

pip的显著性阈值，0-1之间，默认0.9。

save_name

保存文件的文件名称。

save_path

文件保存路径。

cores

并行运算电脑的线程数。

Value

生成多个 CSV 结果文件，每行代表一个基因在特定表型下的 TWAS + 精细定位（fine-mapping）分析结果，包含以下字段：

  • block: 独立基因组区域，格式为 chrom:start-chrom:stop。

  • ens_gene_id: Ensembl 基因 ID。

  • ens_tx_id: Ensembl 转录本 ID。

  • mol_name: 基因、长链非编码 RNA（lncRNA）、假基因等分子特征的名称。

  • tissue: 原始基因表达数据测定的组织类型。

  • ref_name: QTL 参考面板的名称。

  • type: 分子特征类别（如基因、lncRNA、lincRNA、假基因）。

  • chrom: 染色体编号。

  • tx_start: 转录起始位点。

  • tx_stop: 转录终止位点。

  • block_genes: 该基因组区域中的基因数目，用于设定某个基因为因果基因的先验概率。

  • inference_pop1: 用于模型推断的统计方法（例如 LASSO, BSLMM）。

  • inter_z_pop1: 在回归去除平均表型效应时的 Z-score 截距（如果 intercept = False，则该值为 None）。

  • cv.R2_pop1: 交叉验证的预测 R²，衡量模型的预测能力。

  • cv.R2.pval_pop1: 交叉验证 R² 对应的 p 值。

  • twas_z_pop1: 该基因的边际 TWAS Z-score，表示其对表型的预测性。

  • pip_pop1: 该基因的边际后验包含概率（Posterior Inclusion Probability, PIP），衡量其作为因果基因的可能性。

  • in_cred_set_pop1: 是否包含在可信集合（credible set）中的标记变量（1 表示包含，0 表示不包含）。

  • ldregion_pop1: 参考基因组中 LD（连锁不平衡）区域的信息。