使用UTMOST软件进行跨组织联合TWAS分析

此函数用于使用UTMOST软件进行跨组织联合的转录组广泛关联研究（TWAS）分析。相关软件可通过官网访问：https://github.com/Joker-Jerome/UTMOST，数据下载地址为：https://zhaocenter.org/UTMOST。

Usage

TWAS_UTMOST_cross_tissue_test(
  weight_db = "./2.UTMOST/database_normalized_pruned/",
  cov_dir = "./3.UTMOST_GBJ/covariance_joint_GTEx8_normalized_pruned/",
  input_folder = "./2.UTMOST/",
  gene_info = "./2.UTMOST/gene_info.txt",
  output_dir = "./",
  output_name = "joint_GBJ",
  cores = 1
)

Arguments

weight_db

字符串，指定包含.db文件的权重数据文件夹路径。

cov_dir

字符串，指定包含.cov和.snplist文件的协方差结果文件夹路径（包含跨组织的基因水平测试统计协方差矩阵）。

input_folder

字符串，指定包含TWAS_UTMOST_single_tissue_test()函数生成的.UTMOST.csv文件的文件夹路径，例如："./results"。

gene_info

字符串，指定TWAS_UTMOST_single_tissue_test()函数生成的gene_info.txt文件的路径，例如："./results/gene_info.txt"。

output_dir

字符串，指定结果文件保存的文件夹路径。

output_name

字符串，指定结果文件保存的文件名。

cores

整数，指定进行并行运算时使用的线程数

Value

分析结果。