使用UTMOST软件进行跨组织联合TWAS分析
TWAS_UTMOST_cross_tissue_test.Rd软件官网：https://github.com/Joker-Jerome/UTMOST，数据下载地址：https://zhaocenter.org/UTMOST。
Usage
TWAS_UTMOST_cross_tissue_test(
weight_db = "./2.UTMOST/database_normalized_pruned/",
cov_dir = "./3.UTMOST_GBJ/covariance_joint_GTEx8_normalized_pruned/",
input_folder = "./2.UTMOST/",
gene_info = "./2.UTMOST/gene_info.txt",
output_dir = "./",
output_name = "joint_GBJ",
cores = 1
)Arguments
- weight_db
包含.db文件的权重数据文件路径，注意：必须为绝对路径！例如："D:/database_normalized_pruned"。
- cov_dir
包含.cov和.snplist文件的协方差结果的文件路径(跨组织的基因水平测试统计协方差矩阵），注意：必须为绝对路径！例如："D:/covariance_joint_GTEx8_normalized_pruned"。
- input_folder
包含TWAS_UTMOST_single_tissue_test()函数生成的.UTMOST.csv的文件夹路径，例如："./results"。
- gene_info
TWAS_UTMOST_single_tissue_test()函数生成的gene_info.txt文件路径，例如："./results/gene_info.txt"。
- output_dir
结果文件保存的路径，注意：必须为绝对路径！例如："D:/results"。
- output_name
结果文件保存的文件名。
- cores
并行运算电脑的线程数。